L’encadrement militaire et la formation maritime de base permettent aux élèves d’acquérir un savoir- être et un savoir-faire indispensables à l’exercice de leur métier complété par une sensibilisation éthique sur le métier de la mer et la rigueur exigée par celui-ci.
Une convention entre le Ministère de l’Equipement, du Transport, de la Logistique et de l’Eau et l’Administration de la Défense Nationale fixe le cadre général de coopération entre le corps militaire de la Marine Royale et l’Institut Supérieur d’Etudes Maritimes.

Le personnel de la Marine Royale détaché à l’ISEM et présent en permanence dans les locaux de l’Institut est chargé de :

• Développer chez les élèves le sens de l’honneur, du devoir et de la discipline ;
• Développer chez les élèves les qualités socio-émotionnelles ;
• Organiser des cérémonies des couleurs et le suivi des absences des élèves ;
• Observer et redresser l’attitude de l’élève et le port de son uniforme ;
• Préparer les élèves aux diverses cérémonies ;
• Dispenser des conférences, des cours, et de travaux dirigés.

La Marine Royale offre une formation obligatoire dans le cursus des élèves de l’ISEM. Elle est notée et rentre dans le calcul de la moyenne générale de l’élève.