Il est institué au sein de l’Institut Supérieur d‘Etudes Maritimes un conseil dénommé «le Conseil de l’établissement» composé de:

• Membres de droit;
• Représentants élus des enseignants;
• Représentants élus des personnels administratifs et techniques;
• Représentants élus des étudiants;
• Personnalités extérieures représentant la profession.

La composition de ce conseil, le mode de désignation ou d’élection de ses membres ainsi que son fonctionnement sont fixés conformément au décret n° 2-05-885 du 22 rabii II 1427 (21 avril 2006).
Le conseil de l’établissement exerce les attributions qui lui sont dévolues par la loi n° 01-00 susvisée. Toutefois, il peut se réunir en conseil de discipline pour l’exercice du pouvoir disciplinaire à l’égard des étudiants et ce conformément aux conditions fixées par arrêté de l’autorité gouvernementale chargée de la marine marchande.