Le régime d’études appliqué à l’ISEM est un régime paramilitaire, les élèves de l’Institut sont soumis au régime d’internat.
L’internat est un service rendu pour permettre aux élèves d’effectuer leurs études dans les meilleures conditions possibles, compte tenu de l’éloignement géographique du domicile et des exigences des enseignements spécifiques programmés.
Le règlement de l’internat constitue un moyen pour ordonner la vie en commun, pour fixer les droits et devoirs de tous les élèves et limiter les espaces de liberté individuelle et ceux de la plate-forme commune d’échange, de partage et de communication.
L’internat est obligatoire pour les élèves en cycle normal de L’ISEM, tout en étant facultatif pour les étudiants du cycle supérieur.
L’ISEM dispose de 3 bâtiments pour l’hébergement des élèves en régime d’internat dont un réservé aux filles. Ces bâtiments ont une capacité d’hébergement de 286 lits.

L’ISEM est doté d’une salle de prière aménagée adjacente aux dortoirs des élèves.