L’Institut Supérieur d’Etudes Maritimes d’une part et l’Ecole Royale Navale et le Centre d’Instruction de la Marine Royale d’autre part sont liés par une convention de coopération en vertu de laquelle la Marine Royale assure l’encadrement, l’instruction, l’entrainement et les visites au profit des élèves de l’ISEM.
Au début de l’année académique, et pour les élèves venant d’intégrer l’ISEM, un stage d’intégration de 15 jours est organisé à leur profit au sein de l’Ecole Royale Navale.

Ce stage d’intégration au sein de l’école militaire vise à inculquer aux élèves récemment arrivés à l’ISEM la rigueur et la discipline.
Cette formation vise à préparer les élèves pour acquérir les comportements qu’ils devront adopter que ce soit lors de leurs cursus de formation ou lors de leurs carrières professionnelles.
L’encadrement militaire permet aux élèves d’acquérir une culture générale et maritime et de cultiver le savoir être et le savoir faire indispensables à l’exercice de leur métier.

Aussi, le centre d’Instruction de la Marine Royale organise des stages de formation en matière de sécurité (lutte contre l’incendie, voies d’eau) au profit des élèves et stagiaires de l’ISEM.